O PNPAS é coordenado, a nível nacional, por um Diretor de reconhecido mérito científico, que funciona na direta dependência do Diretor-Geral da Saúde.

É coadjuvado por um grupo executivo, constituído no âmbito da  Divisão de Estilos de Vida Saudável e que se integra na Direção de Serviços de Proteção e Promoção da Saúde desta Direção-Geral.

É, ainda, apoiado por um Conselho Consultivo com representantes dos principais setores necessários à operacionalização do programa, nomeadamente indústria, comunicação, agricultura, restauração e ainda por um Conselho Científico constituído por especialistas de mérito a nível nacional na área da medicina, ciências da nutrição, motricidade humana, psicologia e outras consideradas relevantes.